Để đối phó với thực trạng căng thẳng này, triều Nguyễn cử các tàu chiến bọc đồng và cả tàu thủy chạy bằng hơi nước với đầy đủ quân lính trang bị vũ khí thường xuyên tuần tiễu trên biển và hỗ trợ các địa phương.

Tháng 2 năm Tự Đức thứ 18 (1865), giặc biển đem hơn 50 chiến thuyền cùng súng và khí giới tràn vào ngoài khơi vùng biển Biện Sơn, Thanh Hóa, quan dân tại đây đã nỗ lực, song do thuyền đi tuần ít, lại thô sơ không đủ sức chống lại, nên phải gấp rút xin triều đình đưa thêm thuyền và quân lính tới giúp. Nhà vua phái ngay hai chiếc thuyền đồng là Thần Giao (vốn chuyên trách việc tuần tiễu từ Quảng Trị, Quảng Bình đến Quảng Nam) và Tĩnh Dương (phụ trách tuần tiễu từ Hà Tĩnh đến Nam Định) cùng 3 chiến thuyền khác đến ngay Thanh Hóa hội họp đánh giặc. Kết cục, thuyền Thần Giao bị đánh đắm, viên Quản cơ Nguyễn Trì cùng hơn 100 lính bị chết đuối. Cùng năm 1865, giặc biển lại quấy rối, cướp bóc nhiều địa phương khác như Cửa Quyền (Nghệ An), Cửa biển Hải Vân...

Năm 1871, đám giặc Hoàng Tề liên hệ với đảng giặc Tô Tứ đưa bọn giặc người Tàu cùng hơn 70 chiếc thuyền đến đậu tại vùng biển Cát Hải, Hải Phòng, lợi dụng cơ hội tràn vào trong sông cướp hại nhiều lần. Triều đình lệnh cho các tàu máy hơi nước Mẫn Thỏa, Đằng Huy và tàu bọc đồng Tĩnh Hải, Tường Nhạn tập trung để dẹp giặc.

Vua Tự Đức lo lắng trước tình trạng cướp biển ngày càng gia tăng, đã ban Sắc cho bộ Binh nhắc nhở các quan Đại thần phụ trách phải lưu ý tăng cường bổ sung thêm các tàu thuyền của triều đình cũng như tại các địa phương: Các tỉnh đạo ven biển có rất nhiều thuyền giặc... mà bờ biển dài suốt, chỗ nào cũng có dân ở, đề phòng thời khó được chu toàn, bỏ mặc cũng không được. Gần đây, các thuyền đồng Thần Giao và thuyền đi tuần cũng bị hỏng một lúc, ta thường bận lòng nghĩ ngợi. Hiện nay, thuyền ở Kinh thiếu nhiều, chỉ còn vài ba chiếc, chẳng được việc gì, nên do các tỉnh đem binh thuyền tự giữ lấy, tùy theo số giặc ra biển chặn đánh... hoặc sức cho các tỉnh lựa chọn những thuyền đi buôn hay đánh cá, ngầm phục biền binh súng ống, khí giới, giả dạng làm thuyền buôn, độ 2-4 chiếc đi thành một hàng, dụ họ vào cửa biển, duy ở người ta khéo sắp xếp là được.

Từ thực tế chiến trận cùng với nhận xét của chính vua Tự Đức, có thể nhận thấy thủy quân thời kỳ này còn yếu và lạc hậu, nên không thể thực hiện việc truy quét hải tặc và hỗ trợ hiệu quả cho các thuyền buôn và vận tải khi gặp nạn. Sách Đại Nam thực lục đã ghi lại không ít lần thủy quân triều Nguyễn phải chịu thua thiệt trước sức tấn công mạnh mẽ của lực lượng này. Quy mô, số lượng các lần tấn công của giặc biển ngày càng lớn, đã có lần chúng đưa vài trăm thuyền tới tham chiến, như năm 1865, có hơn 300 thuyền từ các đảo Phù Long, Cát Bà (tỉnh Quảng Yên), chia làm 3 chi đến quấy nhiễu. Triều đình đã phải thuê nhờ các lực lượng bên ngoài giúp đỡ, Bành Đình Tú chỉ huy đội thuyền triều Thanh cũng từng đưa quân sang tiễu trừ giặc biển theo yêu cầu triều Nguyễn. Ngay vua Tự Đức có lần cho rằng, bọn giặc biển quấy nhiễu lan tràn, muốn thuê tàu máy của người Pháp giúp việc đánh dẹp.

Trong triều đình Tự Đức lúc này, có những đại thần rất quan tâm chú trọng tới việc phát triển giao thông đường thủy trong sông và ngoài biển, mở rộng buôn bán với các nước. Vì thế, nhiệm vụ tiễu trừ giặc biển trở thành một nhiệm vụ hàng đầu, bức thiết cho cả triều đình. Bùi Viện là một viên quan có suy nghĩ sâu sắc, tâm huyết với công cuộc phòng thủ trên biển.

Vào năm 1876, Bùi Viện đã dâng một bản Tấu lên vua Tự Đức đề nghị thành lập một ''đội hải quân đi tuần khắp miền duyên hải nước ta" với chức trách cụ thể là "vận tải lương tiền của nhà nước, hộ vệ các nhà buôn và trừ diệt những giặc bể còn đương hoành hành ở Biển Đông". Giữa lúc tình hình trên biển đang ''nóng'' và chưa tìm được giải pháp, thì những lời tâu chan chứa nhiệt tình của Bùi Viện đã lập tức được đương kim hoàng đế chấp thuận. Triều Nguyễn giao cho Bùi Viện chức Tham biện thương chính kiêm Tuần hải nha Chánh quản đốc. Ông đã tổ chức và trực tiếp chỉ huy đội Tuần dương quân trong nha Tuần hải, với nhiệm vụ chính là tuần tiễu, phòng vệ trên biển, chặn đánh hải tặc, bảo vệ các tàu thuyền buôn và vận tải trong, ngoài nước đi lại trong vùng biển quốc gia.

Nhằm giữ nghiêm kỷ cương phép nước, chỉnh đốn tổ chức, ngoài những quy định chung trong thủy quân, Bùi Viện lại đặt thêm luật lệ gồm 12 điều cho lực lượng Tuần dương quân. Lực lượng này được chia thành hai bộ phận: Thanh Đoàn và Thủy Dũng với những trang phục khác nhau để phân biệt. Trong đó, bộ phận Thanh Đoàn đội mũ vải, mặc áo nẹp xanh và Thủy Dũng đội nón dấu, mặc áo nẹp đỏ. Các tàu thuyền chiến tham gia đội quân này được gọi là thuyền Tuần dương. Tuần dương quân còn được bố trí tại các chi điếm của nha Tuần hải ở nhiều thương cảng, cửa biển trọng yếu trong nước.

Từ khi thành lập, Tuần dương quân đã phát huy được sức mạnh của một đội thủy quân triều đình gìn giữ cương giới biển. Đội quân này từng giao chiến nhiều trận với giặc biển Tầu Ô, có lần truy kích chúng đến tận đảo Hải Nam, Trung Quốc. Từ đó, bọn cướp biển không dám liều lĩnh xâm phạm vùng biển nước ta như trước nữa. Dần dần các tuyến hàng hải trở lại yên ổn, an ninh biển đảo được giữ vững, các cửa biển trở nên sầm uất hơn, thương thuyền ra vào trao đổi hàng hóa ngày một nhiều. Việc buôn bán trong Nam ngoài Bắc được phát đạt, cũng nhờ thế việc thông thương qua đường biển với các nước ven biển được đẩy mạnh.

Hoạt động của đội Tuần dương quân đang được phát triển theo chiều hướng thuận lợi và mang lại hiệu quả tích cực cho triều đình, thì không may, Bùi Viện đột ngột mắc trọng bệnh và mất tại Kinh thành Huế vào cuối năm 1878. Lực lượng Tuần dương quân từ khi ông từ trần, không được tiếp tục củng cố và hoàn thiện, thậm chí sau này không còn thấy xuất hiện và tồn tại nữa. Nguyên nhân chính là khó tìm thấy một vị quan triều Nguyễn đương thời có tâm huyết và tài năng như Bùi Viện, để có thể chỉ huy đội thủy quân tuần tiễu trên biển. Các bạn cùng làm quan trong triều và dân chúng rất thương tiếc ông. Nguyễn Tư Giản đã có đôi câu đối viếng nói lên ý chí nguyện vọng sinh thời của Bùi Viện:

Kiếp sau chưa dứt niềm Nhà nước/Chí lớn đành đem gửi biển non.

(Theo biengioilanhtho.gov.vn - TS. Nguyễn Hữu Tâm (Viện Sử học Việt Nam)