Huyện Lý Sơn có hai tuyến vận tải trên biển là Lý Sơn - Sa Kỳ và đảo lớn-đảo bé. Đồn Biên phòng Lý Sơn luôn phối hợp với cơ quan chức năng kiểm tra, rà soát các loại giấy phép của phương tiện và con người hoạt động trên vùng biển được an toàn.