Để tăng cường lực lượng, đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ bảo vệ vững chắc chủ quyền biển, đảo của Tổ quốc, ngày 26-10-1975, Bộ Quốc phòng ra quyết định thành lập Vùng 5 Duyên hải (tiền thân của Vùng 5 Hải quân ngày nay).

Ngay sau khi thành lập, Vùng 5 Duyên hải nhanh chóng xây dựng, củng cố lực lượng, kiện toàn tổ chức, khẩn trương chuẩn bị chiến đấu và SSCĐ; phối hợp cùng các lực lượng đánh bại âm mưu lấn chiếm vùng biển nước ta của quân Khmer Đỏ, giải phóng đảo Thổ Chu và một số đảo trên vùng biển Tây Nam, bảo vệ vững chắc vùng biển, đảo được phân công.

Thực hiện đường lối, chủ trương của Đảng, đáp lời kêu gọi của Mặt trận Dân tộc cứu nước Campuchia, tháng 12-1978, vùng được giao nhiệm vụ tham gia chiến đấu bảo vệ biên giới Tây Nam trên hướng biển. Mở đầu giai đoạn này, đơn vị đã phối hợp với các lực lượng tiến hành “Chiến dịch đổ bộ đường biển Tà Lơn”. Đây là chiến dịch đổ bộ đường biển đầu tiên của Quân đội ta, thắng lợi của chiến dịch này có ý nghĩa rất quan trọng về mặt chiến lược, góp phần bảo vệ vững chắc chủ quyền biên giới, biển, đảo trên hướng Tây Nam, đồng thời tạo bàn đạp, tăng cường thế và lực cho các hoạt động tác chiến của ta trên chiến trường Campuchia. Trong toàn bộ chiến dịch, Vùng 5 Hải quân đã thực hiện nhiều lần đổ bộ tiến công, đánh nhiều trận vận động tiến công, phản kích, giải phóng và bảo vệ vùng biển Tây Nam của Tổ quốc, đồng thời giúp Campuchia giải phóng nhiều đảo và đưa, đón hàng nghìn người dân Campuchia về đoàn tụ cùng gia đình. Đơn vị cũng giúp Campuchia phát triển lực lượng vũ trang về số lượng, chất lượng, đủ sức tiếp nhận và tự làm chủ vùng biển, hải đảo của bạn.

Hơn 10 năm làm tròn nhiệm vụ quốc tế vẻ vang, cao cả, ngày 25-9-1989, Vùng 5 Hải quân trở về Tổ quốc thân yêu, trong bộn bề khó khăn, vất vả. Đơn vị nhanh chóng ổn định nơi ăn ở; triển khai đóng quân trên 9 địa điểm cách xa nhau ở hai tỉnh Kiên Giang, Cà Mau và TP Cần Thơ. Toàn vùng đã nhanh chóng kiện toàn tổ chức, điều chỉnh biên chế, củng cố lực lượng, chăm lo đời sống cho cán bộ, chiến sĩ; tăng cường huấn luyện, nâng cao khả năng SSCĐ; tập trung xây dựng các kế hoạch, phương án tác chiến; xây dựng các công trình chiến đấu, các cơ sở hậu cần, kỹ thuật, tạo nên một thế trận phòng thủ liên hoàn, vững chắc, có chiều sâu trên hướng biển, đảo Tây Nam.

Từ năm 2011, thực hiện Nghị quyết Đại hội Đảng bộ Quân đội lần thứ IX, Hải quân nhân dân Việt Nam được Đảng, Nhà nước quan tâm, đầu tư xây dựng tiến thẳng lên hiện đại. Để thực hiện tốt yêu cầu nhiệm vụ trong tình hình mới, Đảng ủy, chỉ huy vùng đã lãnh đạo, chỉ đạo tập trung xây dựng vùng vững mạnh về chính trị, làm cơ sở xây dựng đơn vị vững mạnh toàn diện.

Đơn vị đẩy mạnh các hoạt động tuần tra, trinh sát, nắm chắc tình hình, xử lý chính xác, kịp thời, có hiệu quả các tình huống, không để bị động, bất ngờ. Tổ chức huấn luyện theo phương châm “Cơ bản, thiết thực, vững chắc”, huấn luyện đồng bộ, chuyên sâu, sát phương án, sát đối tượng tác chiến, sát chiến trường, sát tổ chức, biên chế, sát vũ khí trang bị, lấy nhiệm vụ bảo vệ chủ quyền biển, đảo, thềm lục địa thiêng liêng của Tổ quốc làm mục tiêu huấn luyện. Đẩy mạnh xây dựng nền nếp chính quy, quản lý bộ đội và bảo đảm an toàn trong mọi hoạt động. Tiến hành đồng bộ, toàn diện các mặt công tác, chú trọng công tác đối ngoại quốc phòng; tìm kiếm cứu hộ, cứu nạn; tuyên truyền về biển, đảo, tuyên truyền, phổ biến pháp luật cho nhân dân và thực hiện Chương trình “Hải quân Việt Nam làm điểm tựa cho ngư dân vươn khơi bám biển”, quan tâm chăm lo thực hiện chính sách hậu phương quân đội, góp phần xây dựng nền quốc phòng toàn dân, thế trận chiến tranh nhân dân trên biển.

Giữa muôn trùng sóng gió, trong bất kỳ điều kiện, hoàn cảnh nào, dù có lúc phải đối mặt với những khó khăn và nguy hiểm nhưng các thế hệ cán bộ, chiến sĩ Vùng 5 Hải quân luôn nêu cao chủ nghĩa anh hùng cách mạng, chắc tay súng, vững tay lái, quyết tâm bảo vệ vững chắc chủ quyền biển, đảo, thềm lục địa thiêng liêng của Tổ quốc. Quá trình xây dựng, chiến đấu, trưởng thành, cán bộ, chiến sĩ Vùng 5 Hải quân đã xây đắp nên truyền thống vẻ vang: “Chiến đấu anh dũng; giúp bạn tận tình; đoàn kết hiệp đồng; làm chủ vùng biển”. Vùng 5 Hải quân vinh dự được Đảng, Nhà nước tặng thưởng nhiều Huân chương Quân công, Huân chương Chiến công, Huân chương Bảo vệ Tổ quốc. Vùng có hai tập thể (Tiểu đoàn 563, Tàu 232) được tuyên dương Anh hùng Lực lượng vũ trang nhân dân. Đơn vị được Nhà nước Campuchia tặng thưởng Huân chương Angkor và Huân chương Hữu nghị. Liên tục từ năm 1999 đến nay, Vùng 5 Hải quân được Bộ Quốc phòng và Quân chủng Hải quân tặng cờ thi đua.

Tự hào về truyền thống vẻ vang và những thành tích xuất sắc trong 45 năm qua, cán bộ, chiến sĩ Vùng 5 Hải quân sẽ tiếp tục nêu cao tinh thần đoàn kết, đồng lòng, lập nên những chiến công mới; luôn nỗ lực phấn đấu, trau dồi bản lĩnh chính trị, mài sắc ý chí quyết tâm, chủ động, sáng tạo vượt qua mọi khó khăn, thử thách, sẵn sàng nhận nhiệm vụ, chấp nhận hy sinh, quyết tâm bảo vệ vững chắc chủ quyền và giữ vững môi trường hòa bình, ổn định trên vùng biển, đảo Tây Nam của Tổ quốc.